Просто там же все связано. Это если бы ты не плодил MODX-шаблоны (контроллеры), а в том, что есть, поменял бы base.tpl на свой, то еще ладно. А так у тебя одни документы с одним контроллером, другие с другим, файлы переименованы по своему — конечно он работать там не будет.

Ну вот, все стало еще хуже :)
 
Теперь у меня внутри Firebug тупо код html сайта :)
 <!DOCTYPE html>
 …
 
Страница не найдена
 …
 
Но тут самое интересное думаю: 
 Страница не найдена

Да как только увидел её здесь и всемогущий google помог мне отыскать статью в которой и был он описан, сейчас знакомлюсь)

Всем программистам советую ознакомиться с этой статьей, а так же взять на заметку приведенные рекомендации. Зачем? Во-первых, это стандарты, а во-вторых, Джейсон сказал, что скорее всего именно эти стандарты лягут в основу MODX 2.3 вместе с autoload.

Ну да, уже полазил, посмотрел. У тебя в modxsite в base.php и base.tpl так и написано, хочу base.tpl и все тут :) Сейчас попробую все вернуть, посмотрим, что получится :)

Пожалуйста.
 Я про это еще здесь писал: community.modx-cms.ru/blog/documentation/9226.html

А вот это ты зря сделал. У тебя же отдельная папка шаблона. Что было не оставить шаблон base.tpl по умолчанию?
 Вот ты сейчас главной шаблон поменял, а на остальных всез базовый контроллер и в нем прописано $tpl = 'base.tpl';
 Те же страницы 404 будут разваливаться с критической ошибкой.